Muzium Kota Tinggi merupakan sebuah muzium yang terletak di Kota Tinggi, Johor, Malaysia. Pada awalnya ia menggunakan nama Pusat Sejarah Kota Tinggi, dan mula dibina pada tahun 1997. Ia ditempatkan di bangunan seluas 6, 480 meter persegi yang mula dibina pada 14 April 1997. Ia telah siap pada 11 Jun 1999 dan diserahkan kepada Jabatan Muzium dan Antikuiti. Pada 27 Februari 2001 pihak Jabatan Muzium dan Antikuiti menyerahkan Muzium Kota Tinggi ini kepada Kerajaan Negeri Johor dan diselenggarakan oleh Yayasan Warisan Johor. Pada 30 Ogos 2002 Muzium Kota Tinggi telah dibuka untuk lawatan walaupun pengisian pameran ditingkat atas masih belum siap dan telah dirasmikan oleh D.Y.A.M. Tunku Ibrahim Ismail Ibni Sultan Iskandar, Tunku Mahkota Johor (Sultan Johor pada masa ini) pada 29 Februari 2004 bersamaan 8 Muharam 1425 H bersempena Program Kembara Mahkota Johor. Muzium Kota Tinggi telah menjadi pusat kunjungan segenap lapisan masyarakat termasuk pelancong dari dalam dan luar negara bagi mengetahui mengenai sejarah Kota Tinggi, sesuai dengan fungsinya sebagai pusat penyimpanan dan penyebaran maklumat sejarah.
Muzium Kota Tinggi menonjolkan sejarah dan tinggalan sejarah pemerintahan Kerajaan Johor Lama. Lembah Sungai Johor merupakan wadah kesinambungan Kesultanan Melayu setelah gugurnya Melaka pada tahun 1511. Dengan mengambil kira tahun 1529 bermulanya pusat Kerajaan Johor di Pekan Tua (Pasir Raja) dan diikuti oleh Johor Lama dalam tahun 1540 bererti tamadun Melayu telah bertapak di Kota Tinggi selama lebih 400 tahun. Di lembah Sungai Johor inilah lahirnya Tun Sri Lanang Pengarang Melayu tersohor dan terawal menghasilkan Sejarah Melayu, sebuah historiografi Melayu yang agung.
Muzium Kota Tinggi (pada awalnya menggunakan nama Pusat Sejarah Kota Tinggi) mula dibina pada tahun 1997. Kerja-kerja binaan telah diselia oleh Jabatan Kerja Raya (JKR) Kota Tinggi. Pada 11 Jun 1999 bangunan ini telah sempurna disiapkan dan diserahkan kepada Jabatan Muzium dan Antikuiti. Pada 27 Februari 2001 pihak Jabatan Muzium dan Antikuiti menyerahkan Muzium Kota Tinggi ini kepada Kerajaan Negeri Johor dan diselenggarakan oleh Yayasan Warisan Johor. Muzium Kota Tinggi telah dibuka untuk lawatan pada 30 Ogos 2002[1], sungguhpun pengisian pameran ditingkat atas masih belum siap . Ia telah dirasmikan oleh D.Y.A.M. Tunku Ibrahim Ismail Ibni Sultan Iskandar, Tunku Mahkota Johor (Sultan Johor pada masa ini) pada 29 Februari 2004 bersamaan 8 Muharam 1425 H bersempena Program Kembara Mahkota Johor.
